BD Rhapsody单细胞3‘转录组测序

 

产品简介

 

单细胞转录组测序如何进行单细胞的捕获，是决定单细胞检测成本和通量的关键步骤。高通量单细胞捕获目前主流的有两大策略，一种是以10x Genomics为代表的采用微流控芯片技术（Microfluidic） ，另一种，就是BD Rhapsody为代表的采用微孔板（Microwell） 技术。 BD Rhapsody单细胞分析系统包括BD Rhapsody卡式芯片、 BD Rhapsody上样台、 BD Rhapsody扫描仪三大部分。

 

BD Rhapsody上样台（左）； BD Rhapsody卡式芯片（中）； BD Rhapsody扫描仪（右）

 

 

技术原理

 

BD Rhapsody^TM 卡式芯片由上万个微孔组成，主要承担样本以及试剂的添加，在平面卡式芯片上，一个细胞与一个条码标记微球（beads） 依次落入同一个微孔中，细胞裂解释放mRNA并且与磁珠上的引物序列杂交，进而完成细胞的捕获和mRNA反转录。磁性回收beads，抓取cDNA进行文库构建并测序。接下来采用BD Rhapsody^TM 单细胞分析系统进行数据分析，一次可以获得100~10,000个单细胞的基因表达数据，实现单细胞水平鉴定和表征细胞类型的目的。

 

BD Rhapsody 微孔捕获及标记细胞原理

 

 

BD Rhapsody 单细胞测序实验流程图

 

 

BD Rhapsody 单细胞转录组测序

 

 

结果展示

 

细胞分群图（左）； 蛋白表达密度分布图和热图分析（右）

 

Marker 基因聚类热图（左）； 基因表达拟时间分析（右）

 

产品优势

 

超高通量

每个样可检测100-10,000个细胞；

 

多组学检测

可以同时实现靶向mRNA+ 蛋白质+ VDJ CDR3的单细胞多组学研究；

 

系统可靠

可利用成像系统对单细胞捕获过程进行质控；单细胞捕获效率高达80%，多细胞比例<1%(1,000个细胞中)；

 

经验丰富

J9九游信誉医药技术团队现已累积100余种不同组织类型、数千余个样品的单细胞测序经验。

 

送样要求

 

 

应用方向

 

 

应用案例

 

鼻纤毛细胞是COVID-19早期SARS-CoV-2复制的主要靶细胞

Nasal ciliated cells are primary targets for SARS-CoV-2 replication in the early stage of COVID-19

发表杂志：Journal Of Clinical Investigation （IF: 14.808）； 发表时间： 2021年 7月； 应用技术：BD Rhapsody单细胞转录组测序

 

在COVID-19的早期阶段，上呼吸道会受到损害，但在细胞水平上对SARS-CoV-2的趋向性尚未完全确定。最近的单细胞RNA-Seq分析显示所有鼻上皮细胞中SARS-CoV-2进入相关宿主分子的mRNA表达水平较低，但本研究发现这些蛋白水平相对较高，并且它们的定位局限于多毛上皮细胞的顶端。此外，本研究提供了在COVID-19患者中大量检测到SARS-CoV-2并在多分枝细胞中复制的证据。研究发现，在COVID-19的早期阶段，感染的纤毛细胞迅速被分化的前体细胞取代。此外，分析表明SARS-CoV-2的细胞趋向性仅限于鼻腔纤毛上皮而非口腔鳞状上皮。这些结果表明，在COVID-19早期阶段靶向鼻上皮纤毛细胞可能是预防SARS-CoV-2传播的理想策略。

 

健康供体与COVID-19患者鼻上皮细胞组成

 

差异表达基因分析（左）； COVID-19患者鼻腔上皮细胞的轨迹推断（右）